San Francisco Javier llegó a Japón el 15 de agosto de 1549. Entró por Kagoshima con la idea de convertir al catolicismo al Emperador,  Pero las guerras internas  lo impidieron. Finalmente se asentó en Yamaguchi, donde el señor feudal le permitió ejercer su ministerio.

De los dos años y medio que pasó en Japón, Francisco Javier estuvo solo seis meses en Yamaguchi, periodo en el que se produjeron unas 500 conversiones. Cuando creyó que la misión iba por buen camino y ya no era imprescindible su presencia dejó allí a dos compañeros y partió de nuevo hacia China, muriendo en 1552.

Pero tan corta estancia dejó tal huella en Yamaguchi que 500 años después aún es considerado un héroe local y una referencia de su cultura. En 1950 se levantó una iglesia católica para conmemorar el 400 aniversario de la llegada de los jesuitas a Yamaguchi. La iglesia ardió por completo más tarde y en 1991, con fondos recaudados por suscripción popular en una provincia budista-sintoista en la que los católicos son solo el 0,7 %.

El lugar donde se cree que estuvo el templo Daido-ji, que el señor feudal dejó a los misioneros como residencia, es ahora el parque de San Javier. Hay un museo con toda la iconografía de la aventura jesuita en Japón y piezas históricas. Y una estatua tamaño natural del santo junto a un pozo, porque el misionero navarro se dirigía dos veces al día a los japoneses junto a un brocal para predicar y evangelizar.

Cada año, el 3 de noviembre se celebra el día de España, y se hace un pasacalles en el que se sacan en honor de las fiestas de San Fermín una cabalgata con dos figuras de gigantes: una del misionero navarro y otra de Yoshitaka Ouchi, el señor feudal que le permitió residir en Yamaguchi.

La ciudad de Yamaguchi se hermanó con Pamplona en 1980. Desde entonces costea el sueldo de tres trabajadores españoles bilingües que ejercen labores culturales y de relaciones internacionales, además de animadores locales. Igual van por los colegios fomentando la cultura española que organizan una fiesta en un centro comercial con simulacro de sanfermines incluido.

En Pamplona existe una plaza Yamaguchi, con un jardín japonés diseñado por paisajistas nipones. Y una de las bibliotecas públicas se llama Biblioteca Yamaguchi, con un notable catálogo de literatura japonesa además de ser sede de numerosas actividades dedicadas a la cultura nipona.