Como en el resto de Asia, la presencia de los jesuitas en Japón se remonta a la evangelización que San Francisco Javier llevó a cabo en este continente en el siglo XVI. El 15 de agosto de 1549 , San Francisco Javier , Cosme de Torres (sacerdote jesuita ), y el padre Juan Fernández llegaron a Kagoshima desde España con las esperanzas de llevar el catolicismo a Japón . Javier visitó a Shimazu Takahisa , el daimyō de Kagoshima, pidiéndole permiso para construir la primera misión católica en Japón.

Originalmente, el shogunato y el gobierno imperial apoyaron la misión católica, pensando que esto reduciría el poder de los monjes budistas , y ayudaría a las relaciones comerciales con España y Portugal . De todos modos, el shogunato era precavido por el asunto del colonialismo , viendo que en las Filipinas los españoles habían tomado el poder tras convertir a la población (y que otros poderes coloniales habían hecho lo mismo en otros sitios). El gobierno fue considerando cada vez más al catolicismo como una amenaza, y comenzó a perseguir a los cristianos. Posteriormente, la iglesia católica fue prohibida y aquellos que rehusaban abandonar su fe eran asesinados.

Finalmente, el Taikō Toyotomi Hideyoshi condenó a muerte a veintiséis cristianos – cinco misioneros europeos franciscanos , uno franciscano mexicano ( San Felipe de Jesús ), tres jesuitas japoneses y diecisiete laicos japoneses, incluidos tres niños. Los portugueses , españoles y los cristianos japoneses que contemplaban la escena, no pudieron resistir más y, rompiendo el cordón de soldados, corrieron hacia las cruces. Empapaban en la sangre trozos de paño, recogían la tierra santificada, se llevaban pedazos de los hábitos y kimonos de los mártires.

En los años posteriores la persecución continuó esporádicamente, explotando otra vez entre 1613 y 1637 , tiempo durante el cual el catolicismo estuvo oficialmente prohibido.